Το ΠΜΣ Εφαρμοσμένης Πληροφορικής, όπως και το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής, Υπολογιστών και Τηλεπικοινωνιών, προσβλέπουν σε ενίσχυση του ρόλου των διαδικασιών διασφάλισης ποιότητας στην εκπαίδευση μέσω της λειτουργίας της ΜΟΔΙΠ (Μονάδα Διασφάλισης Ποιότητας). Η αποτελεσματικότητα του διδακτικού προσωπικού αλλά και των διαφορετικών μεθόδων παράδοσης, αξιολογείται σε εξαμηνιαία βάση από τους φοιτητές του Τμήματος, χρησιμοποιώντας κατάλληλα διαμορφωμένα ερωτηματολόγια (επισυνάπτεται υπόδειγμα στο Παράρτημα Α9) που περιέχουν ένα ευρύ σύνολο ερωτήσεων. Η βαθμολογία που δίνουν οι φοιτητές του Προγράμματος στο εκπαιδευτικό έργο που συντελείται, καθώς και στους διδάσκοντες του Π.Μ.Σ. είναι σταθερά υψηλή. Αυτό, δημιουργεί την ευθύνη εκ μέρους των εκπαιδευτικών για τη διατήρηση του υψηλού ποιοτικού επιπέδου στην παρεχόμενη εκπαίδευση και την συνέχιση της ικανοποίησης των προσδοκιών των φοιτητών. Η διαδικασία αξιολόγησης υποδεικνύεται από τη ΜΟΔΙΠ και γίνεται ηλεκτρονικά από την πλατφόρμα https://modip.ihu.edu.gr.